产品和服务

安诺基因

公司建立了包含PromethION、PacBio Sequel、NovaSeq 6000、HiSeq X等

新一代测序仪的高通量测序平台,并与Illumina联合开发了

新一代桌面测序仪NextSeq 550AR,可以对DNA、RNA等不

同分子类型的样本进行测序分析,具备检测大批量样本的能力。

新闻中心
年末剁手指南:哪款人基因组测序技术最适合你?

每次怀揣着要做测序的热情,都被种类繁多的测序产品绕花了眼,WES/WGS傻傻分不清楚,我只想静静的做个基因组测序,怎么这么难~

为了解决上述问题同时答谢大家一直以来对安诺优达的支持,小编我呕心沥血将各种测序技术的性能进行总结比较,让你一秒get到最适合自己的产品,快来围观吧~


01 全基因组重测序(Whole Genome Sequencing,WGS)


全基因组重测序即对整个基因组进行测序,将测序得到的DNA片段和参考基因组进行比对,从而得到其中的变异信息。作为全面分析基因组的方法,WGS的最大特点是包含了非编码区的序列信息。而一些基于WGS技术的疾病研究显示,非编码区的DNA变异与复杂疾病发生有很大关联。

WGS的实验流程主要分为如下的5个步骤:

图1


对于疾病先验知识不多、关注非编码区变异和结构变异的研究,WGS是首选技术一般测序深度推荐30X-50X,相应的数据量是90G-150G。WGS的不足在于测序数据量大、成本高,数据解读难度大,此外测序深度较低,不利于低丰度变异的检测。


案例解析

Deep whole-genome sequencing reveals recent selection signatures linked to evolution and disease risk of Japanese[1]

深度全基因组测序揭示与日本人进化和疾病风险相关的选择特征


发表期刊:Nature Communications

影响因子:12.124

发表日期:2018.4

实验材料:2,234名祖籍在日本的人类样品,患有急性心肌梗死、药物性皮炎、结直肠癌、乳腺癌、前列腺癌、胃癌、痴呆症其中一种。

测序平台&策略:Illumina HiSeq 2500平台,PE160,平均测序深度为25.9X。

研究思路:

图2


结论:本研究用WGS来展示日本人群的自然选择特征。利用罕见的单例,鉴定出近2,000-3,000年间在多个基因位点上发生过自然选择的迹象。在大规模的全基因组关联研究(GWAS)中,选择特征的变异显示出在日本各地理区域间衍生等位基因频率谱的异质性富集。

推荐指数:★★★★☆


02 外显子测序(Whole Exome Sequencing,WES)


外显子测序技术只将人类基因组的外显子区域进行测序,是应用频率最高的基因组测序方法之一。人类基因组中包括约180,000个外显子,约占到全部基因组的1%,约为30 million bp,是人基因组的蛋白编码区域,集中了大部分已知的致病突变位点。外显子测序可以弥补全基因组重测序高成本、低深度的不足,有效的检测低丰度变异。

WES的流程可以大致分为两个步骤。一是对基因组中外显子区域进行特异性捕获富集,二是对捕获的部分进行扩增和高通量测序。目前安诺使用Agilent V6系列外显子靶向序列富集系统对人类外显子序列进行捕获,这也是目前应用较广泛、较被研究者认可的经典外显子捕获测序试剂。


图3


WES在研究编码区突变改变蛋白产物的方面发挥了强大的功能。一般WES测序深度推荐100X-200X,相应的数据量是12G-24G。其数据分析难度小,易解读,可有效地检测低丰度变异。但由于WES有捕获过程带入的偏好性,及对非编码区覆盖较少,因此对于CNV/SV的检出准确度不高。如果研究中需要关注较大范围的CNV,可以配合往期介绍的另一款CNV检测技术(CNV研究=高价格?有了这个检测技术,十一也能尽情嗨~ 点此查看),弥补WES测序对CNV研究不准确的短板。


案例解析

 Human ALPI deficiency causes in flammatory bowel disease and highlights a key mechanism of gut homeostasis[2]

人类ALPI缺陷可引发炎症性肠病,凸显出肠道内稳态形成的一种重要机制


发表期刊:EMBO Molecular Medcine

影响因子:9.249

发表日期:2018.2

实验材料:两例独立IBD患者(P1和P2)及家系的外周血样品

测序平台&策略:Illumina HiSeq 2500,PE100(P1)或PE75(P2)进行WES。

研究思路:

图4


结论:研究者利用全外显子测序(WES)技术在两例独立的患者体内鉴定出可导致严重肠炎和自体免疫的ALPI突变。研究结果凸显了ALPI在降低LPS毒性、抑制肠道对微生物群炎症反应的过程中起到的重要作用。同时也为口服ALPI以治疗IBD的疗法提供了遗传学证据。

推荐指数:★★★★★


03 目标区域测序(Targeted Region Sequencing,TRS)


目标区域测序技术就是特异性地对感兴趣的基因组序列进行探针设计、区域捕获、双端测序和信息分析。其原理类似外显子测序,只是关注的区域更为个性化。其优势是高集中度、小数据量、较低成本、高深度和高覆盖度,适合在大量样本中进行专门区域的研究。

安诺目标区域测序是利用液相杂交捕获技术将人基因组目标区域DNA富集后,基于Illumina测序平台高通量测序的基因组研究方法,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。相比于全基因组重测序,目标区域测序更加经济、高效,但需要有先验知识来制定明确的测序范围,以设计对应的捕获芯片。

对于有明确关注基因区域、样品量相对较大的研究项目,TRS是性价比最高的一款,一般推荐测序深度100X-10,000X,数据量通常在几个G水平,一般用于大范围测序结果的验证。


案例解析

Germline mutations in 40 cancer susceptibility genes among Chinese patients with high hereditary risk breast cancer[3]

中国高遗传风险乳腺癌患者的40个癌症易感性基因胚系突变筛查


发表期刊:International Journal of Cancer

影响因子:6.513

发表日期:2018.5

实验材料:937例中国高遗传风险乳腺癌患者的静脉血样本(5 mL)。

测序平台&策略:Illumina HiSeq 2500,PE100。40个BC相关基因构成的芯片,平均测序深度300X以上。

研究思路:

图5


结论:该研究采用目标测序的方法,对大量中国高遗传风险乳腺癌患者的40个癌症易感性基因进行了胚系突变频率评估,绘制中国高遗传风险乳腺癌遗传全景。

推荐指数:★★★☆☆


04 ctDNA测序(Circulating Tumor DNA Sequencing,ctDNA-Seq


ctDNA即循环肿瘤DNA,是一种具备广泛应用前景、高敏感性、高特异性的肿瘤标志物,且适用于多种癌种。通过对样品中的ctDNA进行高通量深度测序,可发现肿瘤相关的基因突变,用于发现癌前病变及早期癌症,实现癌症的早期预警、监测、耐药和复发等全程管理。基因突变检测结合分子病理诊断,还可为患者选择较优的精准治疗方案。

对于癌症的早期诊断,ctDNA测序可谓是不二选择。安诺提供的ctDNA检测主要针对230个泛癌种的癌症相关基因,一般测序深度可达20,000X以上,可精准发现低频存在的体细胞突变。


案例解析

Early reduction in ctDNA predicts survival in lung and bladder cancer patients treated with durvalumab[4]

ctDNA早期减少可预测durvalumab治疗的肺癌和膀胱癌患者生存情况


发表期刊:Clinical Cancer Research

影响因子:10.199

发表日期:2018.8

实验材料: 28例非小细胞肺癌(NSCLC)患者的治疗前及治疗后第6周的ctDNA,72例EGFR-野生型NSCLC患者及9例泌尿道上皮癌(UC)患者。

测序平台&策略:目标区域测序(Guardant36073基因panel),Illumina HiSeq 2500。

研究思路:

图6

结论:本研究探索了ctDNA用于预测抗PD-L1药物durvalumab存活率的可行性。揭示了可利用ctDNA早期变化识别免疫检查点抑制剂单一疗法并指导组合治疗来作出治疗决策。

推荐指数:★★★☆☆


测序技术种类繁多,总是在选择技术时犯迷糊?小编划重点了,其实基因组常用测序技术可分为两大类,一是全基因组重测序,另一个是目标区域测序。在目标区域测序里面又包括常用的外显子测序、ctDNA测序等,其测序原理基本都是通过设计芯片,来捕获特定的基因组片段。这样总结起来是不是好记了许多?如果还是记不住,不用担心,小编还给大家总结了基因组常用测序技术的比较,表格在手,技术常有, 快收藏起来吧~


基因组常用测序技术比较

图7


安诺人基因组产品基于上述测序技术,可提供疾病、癌症方面的高通量测序服务,更有全面可靠的分析结果,心动不如行动,快快联系当地销售经理吧~


参考文献:

[1] Okada Y, Momozawa Y, Sakaue S, et al. Deep whole-genome sequencing reveals recent selection signatures linked to evolution and disease risk of Japanese[J]. Nature Communications, 2018, 9(1).

[2] Parlato M, Charbithenrion F, Pan J. Human ALPI deficiency causes in flammatory bowel disease and highlights a key mechanism of gut homeostasis[M]. Bacterial Regulatory RNA, 2018.

[3] Li J, Jing R, Wei H, et al. Germline mutations in 40 cancer susceptibility genes among Chinese patients with high hereditary risk breast cancer[J]. International Journal of Cancer, 2018.

[4] Rajiv Raja, Michael Kuziora, et al. Early reduction in ctDNA predicts survival in lung and bladder cancer patient streated with durvalumab[J]. Clinical Cancer Research, 2018.



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年终盘点,你不可不知的Hi-C大事件

2018年,三维基因组学研究进入快车道,在实验方法、大数据分析、信息共享等众多领域均有重大进展,作为三维基因组学研究领域的重要一分子,安诺Hi-C不忘初心,奋勇前行,全力迈向新高度。现在就跟着小编一起,细数2018年安诺Hi-C在三维基因组学时代留下的脚印吧~


4月

安诺Hi-C助力千种昆虫基因组计划

4月,在2018昆虫基因组与绿色防控大会上,中国农业科学院深圳农业基因研究组所联合浙江大学、西南大学等单位共同推出“TOP1000昆虫基因组计划”。安诺基因作为千种昆虫基因组计划的合作方,将协助完成基因组测序及组装等工作。


5月

安诺植物Hi-C文章见刊Plant Journal

5月,国内首篇商业合作的植物染色体三维互作文章发表,安诺基因联合东北师范大学合作研究的《Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice》见刊Plant Journal(IF:5.775),全面解析了水稻染色质的三维结构[1]


5月

安诺Hi-C亮相2018年前沿基因组研究学术分享讨论会

5月,安诺优达联合福建农林大学基因组中心共同举办前沿农业基因组学术分享讨论会,安诺Hi-C技术亮相会场。


6月

安诺Hi-C在线交流教你分析软件哪家强

6月,安诺基因生物信息在线交流火爆开讲,Hi-C资深高级信息分析工程师亲自上阵,针对分析软件的使用方法、分析数据量等重点问题进行了详细解读。


7月

安诺Hi-C助力北京鸭登顶Nature子刊

7月,安诺Hi-C助力西北农林动物科技学院及中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,在北京鸭重要经济性状遗传机制解析上取得关键进展,研究成果见刊自然子刊Nature Communications,该研究被列为期刊当期的亮点推荐论文[2]


8月

安诺Hi-C年中促销,让七夕更美

8月,安诺基因年中促销火力全开,Hi-C产品倾情放价,约“惠”七夕,科研生活不寂寞~


9月

首期三维基因组学信息分析培训班开班

9月,安诺基因首届三维基因组学信息分析培训班如期举办,来自全国各地的近50位老师相约安诺,与三维基因组分析团队的20位讲师共同开启染色质构象分析的生信大讲堂。


10月

安诺基因成功协办第五届国际三维基因组学研讨会

10月,第五届国际三维基因组学研讨会在湖北省武汉市华中农业大学隆重召开,安诺基因作为大会协办单位和指定赞助商,连续3年协助该国际会议的举办,我们真诚希望能与国内外学者一起促进三维基因组学领域的合作与交流,推动三维基因组学技术在国内的发展和进步。


10月

三维基因组学信息分析培训班再开班

9月的Hi-C生物信息分析培训班,因报名火爆场地有限,很多小伙伴没有参加,应各位老师的强烈需求,10月,Hi-C生物信息分析培训班再次开班,30天连开2次的培训班,小编也是没想到这般火爆呢,在此小编再次感谢大家的热情参与,来年我们还约哦~


10月

安诺Hi-C亮相第三届ISEMHH大会

10月,由南方科技大学主办,湖北大学、广东省生物信息学会和安诺优达协办的第三届国际表观遗传学机制与人类健康大会(ISEMHH)在广东深圳隆重召开。安诺基因Hi-C测序技术亮相此次大会,与业界大咖一起共议三维基因组学的当下与未来。


11月

安诺Hi-C辅助组装再添高分文章

11月,安诺Hi-C助力中国中医科学院中药研究所陈士林研究员课题组组装获得了穿心莲269M高质量染色体水平的参考基因组,研究成果见刊Plant Journal(IF=5.775)[3]。 


11月

Hi-C升级一小步,产品优化一大步

安诺Hi-C在建库流程和数据分析上进行了全面升级,升级后的标准分析将涵盖6大领域,针对染色质结构特征进行全方位、多角度的可视化展示;升级后的高级分析实现30+分析条目,继续扩大Hi-C与其他组学分析的深度联合。


12月

Hi-C建库起始量低至10万个细胞,降低建库起始量我们是认真的

12月,经安诺基因研发团队的全力优化,成功将细胞类型Hi-C样本的建库起始量由原来的500万个细胞降至10万个细胞。不过小编负责任的宣布,10万个细胞建库远不是安诺的终极目标,小编在此预告,来年还会有更大的惊喜哦~


安诺Hi-C文库数量破3000,前行的路上我们不松懈

截至2018年底,安诺Hi-C文库数量已突破3000个,样本类型全面涵盖人、动物、植物、微生物,正所谓聚沙成塔、积水成渊,一年虽末,但在前行的路上,安诺Hi-C从无终点。


写在最后

年年岁岁,岁岁年年,在2018即将落幕之际,安诺Hi-C团队衷心感谢一年来合作和支持我们的所有伙伴们,2019,愿我们一起不负努力不负己~


关于安诺Hi-C

2015年初,安诺基因在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平,同年12月在国内推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在NatureGenome BiologyMolecular PlantNature Communications等国际高水平期刊,累计IF 97.19,平均IF 12.12。安诺Hi-C,期待与您一起换个视角做测序,共同探索染色质三维结构之美。


参考文献:

[1]Dong Q L, Li N, Yuan Z, et al. Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice[J]. Plant Journal, 2018. doi: 10.1111/tpj.13925

[2]Zhengkui Zhou, Ming Li, Hong Cheng, et al. An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks[J]. Nature Communications. 2018, 9: 2648

[3]Wei Sun,Liang Leng,Qinggang Yin,et al. The medicinal plant Andrographis paniculata genome provides insight into biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide[J]. Plant Journal, DOI:10.1111/tpj.14162.



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2019美国癌症预测报告初解析,安诺新品为降低癌症死亡率再加码

为助力癌症研究,安诺优达全新推出癌症基因panel AnnoCP(Annoroad Cancer Panel)! 


新年伊始,癌症领域的标杆性读物-2019年美国癌症预测报告终于和大家见面了,接下来小编就带大家了解报告中的重要数据和亮点。报告中指出25年间美国癌症死亡率与预期相比持续下降,总体下降27%,相当于死亡人数减少262万。特别是肺癌、乳腺癌、前列腺癌与结直肠癌四种常见高致死性肿瘤下降尤为明显,这与普及早筛及免疫治疗等有效的癌症预防与治疗措施息息相关。相比之下,2018年中国乳腺癌死亡人数为4.8万,占全球乳腺癌总死亡数的9.2%,远高于美国,重要原因之一是我国适龄妇女乳腺癌的筛查率不足1%,而美国筛查率超过80%,从而极大影响了早期病变的发现和诊断,由此可见中国在癌症的防治之路上仍然是任重而道远。


图1 癌症发病与死亡趋势



图1 癌症发病与死亡趋势

图1 癌症发病与死亡趋势[1]


众所周知,基因变异是导致各种癌症发生的元凶,而近年来癌症的靶向治疗及免疫治疗等新型治疗手段,相比于化疗针对性强、风险性低、收益高,被越来越多人所熟知,而这些新型治疗手段研究的关键就是通过基因检测技术找到基因突变的靶点,并筛选出对治疗有针对性的优势人群。


利用基因检测技术进行癌症筛查与研究的方式有多种,其中以基因panel检测为基础的诊断产品的出现,对整个精准医疗行业来说是一个里程碑式的跨越,标志着精准、全面的基因检测将作为基础诊断,对癌症的个体化治疗产生深远的影响。为助力癌症研究,安诺优达全新推出癌症基因panel AnnoCP(Annoroad Cancer Panel)。 


2019安诺重磅推出两款 “癌症基因panel”—AnnoCP


精准医疗所对应的基因检测范围一般都是至少针对几百个基因的panel,并且未来的检测范围将扩大到越来越多的癌症相关基因,增加覆盖的致癌基因与靶点基因,也是当下多药物联合治疗和免疫治疗的需求。


安诺优达为助力于癌症的科学研究、临床诊断与治疗,推出两款癌症基因目标区域测序产品——AnnoCP (Annoroad Cancer Panel),分别是AnnoCP 230(包含230个基因)和AnnoCP 2M(包含800多个基因)。


★AnnoCP 230 & AnnoCP 2M特色


1)两款中国市场上少有的癌症基因大panel:其中AnnoCP 230包含230个相关基因热点突变区域,共计32.8万个位点;AnnoCP 2M包含800多个基因,共计200万个位点。


2)检测突变类型丰富:包括基因编码区单核苷酸位点变异(SNV)、小片段插入/缺失(INDEL)、融合基因(Fusion)、拷贝数变异(CNV)等多种突变类型。


3)适用癌症种类多:可用于肺癌、结直肠癌、乳腺癌、肝癌、黑色素瘤等多种泛癌种。


4)检测基因类型全面:主要针对ALKBRAFEGFRERBB2KRASNRASMETKITTP53等近千个泛癌相关基因,可一次性检测原癌抑癌基因、靶向用药基因、调节信号通路基因、与癌症发生发展高度相关的基因,全面筛选能让患者从中受益的靶向基因。


5)样本类型丰富:既可以针对血液样本,也可以针对实体瘤样本。


★Panel 230 & 2M Panel优势


1)与全外显子测序相比,肿瘤基因Panel检测适合通过高深度检测罕见突变位点,最高可达20000x测序深度,可灵敏检测突变丰度(低至0.2%),更为经济且具有有效性,在ctDNA液态活检方面也表现优秀。


2)癌症研究关注的基因通常比较固定的,而我们特定panel的优势之一是可减少定制时间,缩短实验周期


3)与其他大Panel相比,AnnoCP 230和AnnoCP 2M除检测靶点基因外,还可检测MSI水平(微卫星不稳定),评估肿瘤突变负荷(TMB),MSI 与 TMB 是典型的免疫治疗生物标记物,有助于指导肿瘤患者免疫治疗。最多可筛选252种靶药药物和免疫治疗药物,给患者更多用药选择。


★Panel 230 & 2M Panel适用研究


关注一些特定基因的癌症研究,需求样本量较大、测序深度较高的低频突变的筛选。分析与靶向治疗、免疫治疗和遗传风险相关的基因变异,指导临床个体化用药研究。


以上是AnnoCP的几大特色与优势,想了解更多安诺癌症基因panel产品,欢迎与当地销售经理联系~


科普小讲堂


癌症基因panel的设计原理就是将若干基因对应的探针设计到同一张捕获芯片上,以捕获目标DNA并用于后续的高通量测序,检测目的基因的单核苷酸位点变异。首款基于癌症基因panel的体外伴随诊断产品是Foundation Medicine公司旗下产品FoundationOne CDx(F1CDx),该产品于2017年底通过FDA审批,包含了315个基因的所有变异形式的检测,用于五种实体瘤的泛癌症临床伴随诊断。同时,FDA又批准了纪念斯凯隆特琳癌症研究中心(MSK)的癌症基因检测分析平台MSK-IMPACT,用于癌症患者468个基因检测。2018年3月,大panel癌症基因检测已纳入全美医保,癌症基因panel诊断逐渐普及,治疗方式也就此发生了变革。


参考文献:

[1] Rebecca L. Siegel, MPH, Kimberly D. Miller, et al. Cancer Statistics, 2019. CA Cancer J Clin. 2019, 0:1-28.

[2] Cronin KA, Lake AJ, Scott S, et al. Annual Report to the Nation on the Status of Cancer, part I: national cancer statistics. Cancer. 2018, 124:2785-2800.


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仅需10万个细胞!安诺基因强势推出低起始量Hi-C建库

长期以来,“高昂”的Hi-C建库起始量限制了众多科研小伙伴对未知领域的探索,通常近千万个级别的细胞才能满足一个Hi-C文库的构建,极大限制了诸如生殖、肿瘤等研究领域中微量样本的染色质构象解析。降低Hi-C建库起始量,一直是三维基因组学研究者攻关的难题。


今天,小编已经按捺不住激动的心情,终于要公布我们的阶段性成果啦~ Duang!我们已成功将细胞类型样本的Hi-C建库起始量由原来的500万个细胞降低至10万个细胞,率先实现了低起始量Hi-C建库的产业化服务,在解决微量细胞建库的道路上我们马不停蹄~ 快来看看我们这波操作6不6吧~


  • 样本要求

样本类型:细胞(人、鼠或其他物种)

建库起始量:10万个交联细胞样本/文库(约3ugDNA)

测序平台:Illumina HiSeq X Ten,PE150


  • 实测小数据结果

我们对10余例人和小鼠的细胞样本进行了多轮测试,评估结果显示,最终可用于分析的Valid Rate(%)均在60%以上,最高可达83%,有效数据比例杠杠滴~


(1)部分人细胞样本结果展示

部分人细胞样本结果展示


(2)部分小鼠细胞样本结果展示

部分小鼠细胞样本结果展示


  • 实测大数据结果

我们随机测试了2个人细胞样本的大数据,对大数据上机后的有效比对率和有效数据率分别进行统计,均满足分析需求,结果如下:


(1)有效比对率统计

有效比对率统计g


(2)有效数据率统计

有效数据率统计


  • 交互热图结果展示


对小数据结果进行交互热图分析,如下图所示,展示了genome-wide Hi-C交互热图。

交互热图结果展示

Tips:10万个细胞建库仅仅是我们的起点,安诺研发团队一直致力于解决珍稀样本的建库问题,让我们相约下一个突破性进展吧~


关于我们

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务供应商,自2015年初,首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平,同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在NatureMolecular PlantNature communicationsGenome Biology等国际高水平期刊,累计IF 97.19,平均IF 12.15


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