10x Visium HD空间转录组产品震撼来袭！近似单细胞分辨率的空间分析+捕获点间无间隙+高稳定性，可实现FFPE组织的连续覆盖。这样的技术，你心动不？小编今天给各位小伙伴详细介绍一下10x Visium HD空间转录组。
10x HD芯片由连续的2*2 μm的方格组成，每个2*2 μm的方格中存在特定barcode进行位置区分，方格间无gap，spot点的区域信息全覆盖。
Visium HD的空间基因表达芯片
在过往技术中，不论是Visium还是Visium CytAssist，都是以55 μm的spot点进行基因信息捕获。不同spot点间距的组织基因信息无法有效获取。同时，Spot点内部可能存在多个细胞混合信息，即使后期与单细胞转录组联合分析，也是通过映射/反卷积算法进行，准确度可能受限。在芯片设计上，Visium HD能够捕获的组织区域无gap，这更接近真实的组织信息，可能会在后续分析中，探索和发现更多的细胞类群，更加精确的区分细胞的多样性和样本状态。
高分辨率的形态学数据进行分子可视化
在乳腺导管原位癌样本结果中，H&E染色清晰地呈现出生物组织的结构和组成（图A），叠加 HD高分辨率空间的聚类分析（图B），不仅可以识别出预期位置的主要细胞类型（图C），还可以模拟重要细胞类群在H&E识别的导管区域的独特空间定位（图D）。
乳腺导管原位癌样本（人、FFPE）中H&E染色和HD空间转录图谱聚类结果
实验流程
Visium HD工作流程包括：对质检合格的FFPE样本进行H&E染色，确认切片结构；探针杂交连接后，通过Visium CytAssist仪器进行捕获；探针拓展、cDNA回收；文库构建、测序，最终实现数据可视化。
Visium HD的工作流程
技术对比
常见问题
10x Visium HD的推荐数据量是多少？
HD不再有read pairs/spot的概念，官方推荐最低275M read pairs x 捕获区域组织面积覆盖百分比，以PE150测序策略来说，就是150 bp x 双端 x 275 M reads = 82.5 G，即100%覆盖度下最低需要82.5 G的数据量。
10x Visium HD的物种限制？样本类型限制？样本质量要求？
目前，HD可提供人和小鼠的空间分析，由于使用探针捕获原理，其他物种暂不兼容。样本类型方面，只接收FFPE石蜡样本。建议老师选择质检合格的样本（DV200≥30%）进行后续实验。
10x Visium HD的分析注意事项？
实际分析时，可以在方格（bin）组合时灵活进行不同分辨率的调整，官方建议采用8*8 μm进行分析。
除无gap外，10x Visium HD的其他产品优势？
HD芯片为探针原理设计，相对PolyA的捕获原理，基本能检测到的基因数更高。与CytAssist一样，质量要求更低，不同保存条件下的样本（已贴玻片、预先染色）均可兼容。
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