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T2T基因组

  • 产品简介
  • 技术流程
  • 样本要求
  • 测序方案
  • FAQ

T2T基因组组装即通过包括PacBio Revio，ONT Nanopore等多种测序手段，获得高深度测序序列，采用多种组装软件拼接而成的从端粒到端粒的0Gap或近0Gap的高质量基因组。这可为深度解析端粒、着丝粒等高度重复序列提供详细的DNA信息，对于后续的基因挖掘和功能验证具有深远的意义。

产品优势
  • “私人订制”服务
    针对客户物种和材料准备情况，有针对性地定制测序和组装策略，定期反馈项目进展。
  • PacBio测序平台
    两台PacBio Revio仪器，周产出HiFi数据约3.2T，快速交付周期，建库+测序仅需7天可以完成数据交付。
  • 多种组装策略
    可以实现部分染色染0 Gap水平的Gap-free T2T基因组组装或完整着丝粒、端粒的T2T基因组组装。
  • 经验丰富的分析团队
    团队成员在Cell、Nature Communications等杂志发表过文章，项目经验丰富。
应用领域
  • 填补基因组中的空白区域
  • 挖掘新基因、发现新功能
  • 着丝粒、端粒高复杂区域特征分析
  • 片段重复、复杂结构变异的精细研究
技术流程-T2T.png
产品类型送样要求
基因组Survey（Illumina平台）

样品类型：基因组DNA样品；

样品需求量：小片段文库≥0.2μg；

样品浓度：≥5ng/μl；

样品纯度：OD260/280= 1.8-2.2、 OD260/230=0.8-2.5；

样品质量：基因组完整，DNA主带清晰、无降解、无污染。

基因组de novo（PacBio）平台

DNA总量：HiFi≥6.5 μg；

浓度：≥80 ng/L；

质量：基因组完整性，DNA主带：HiFi≥30kb；

纯度：OD260/280≥1.5、 OD260/230≥1.2、 QC/NC=0.5-4.0。

基因组注释至少6个不同时期或不同部位的样品，推荐Iso-seq ≥50G数据量。
Hi-C辅助装（Illumina平台）新群组织进行甲醛交联，1个Hi-C文库至少需要新鲜血液约5ml或组织1g，推荐2-3g组织量。
T2T基因组类型测序平台深度推荐
Gap Less T2THiFi≥60X
ONT Ultra-long≥30X
Hi-C100X
Golden T2THiFi≥60X
ONT Ultra-long≥100X
Hi-C100X

Gap Less T2T可以实现至少1条染色体组装质量提升到0 Gap级别
Golden T2T可以实现1半以上染色体达到0Gap级别，并可以较为完整组装出端粒和着丝粒序列。
以上基因组大小不建议超过1G，且杂合度不建议超过1%。
  • Q：T2T基因组相较于之前的基因组序列有何不同？
    A：
    T2T基因组致力于填补先前基因组测序项目中可能存在的缺陷，确保染色体的每个碱基都得到了准确的测序，包括难以测序的区域，如端粒和高GC含量区域。


  • Q：T2T基因组会用到哪些测序手段？
  • A：
    T2T基因组的测序通常采用第三代测序技术，其中包括PacBio（Pacific Biosciences）和Oxford Nanopore等长读长测序技术。这些技术能够生成较长的DNA序列读段，有助于解决难以处理的区域，如端粒和高GC含量的区域。除了第三代测序技术，有时还会结合短读长测序技术，如Illumina测序，以提高整体的测序覆盖度和准确性。这种混合测序策略有助于“polishing”步骤，提高T2T基因组的最终组装质量。

  • Q：什么是“polishing”（精磨）步骤，它在T2T基因组测序中的作用是什么？
    A：
    "Polishing" 是指使用额外的数据或信息（例如Illumina短读或二代长读）来改进最初通过第三代测序得到的基因组组装结果，以提高准确性。
  • Q：T2T基因组组装的主要挑战是什么？
    A：
    主要挑战之一是处理复杂的结构，包括端粒、重复区域和其他高度变异的基因组区域。这需要高度优化的组装算法和专门的测序数据处理。
  • Q：为什么T2T基因组对研究重要？
    A：
    T2T基因组提供了相对更丰富、更准确的基因组信息，有助于理解基因组的结构和功能，从而推动对基因、遗传变异和相关疾病的深入研究
  • Q：T2T基因组对于端粒或着丝粒研究有何意义？
    A：
    端粒（Telomeres）： 端粒是染色体末端的DNA序列，其主要功能是保护染色体免受降解和连接其他染色体的损害。T2T基因组的完整性使得研究者能够更准确地了解端粒的结构、长度和功能，从而更深入地理解细胞衰老、癌症和遗传变异等与端粒相关的生物学过程。 着丝粒（Centromeres）： 着丝粒是染色体上一个特定的区域，负责在细胞分裂时引导染色体的正确分离。T2T基因组的详细测序使得研究者能够更全面地研究着丝粒的结构和功能，有助于理解染色体分离的机制、基因组的稳定性，以及可能导致染色体异常的遗传变异。
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