10x Visium HD，作为一款革新的空间基因表达分析工具，近似单细胞分辨率的空间分析+捕获点间无间隙+高稳定性，可实现FFPE组织的连续覆盖，在保留组织结构完整性的同时，细致描绘出基因表达的空间分布图谱，将研究推向了一个新维度。
01 连续无间隙的组织成像，单细胞水平分辨率
早期版本的Visium芯片上，每个spot点的直径为 55 μm，俩个相邻点的中心之间相隔100 μm，远大于一个细胞的直径（10 μm左右）。新一代的10x Visium HD玻片上有2个6.5*6.5 mm的捕获区，每个区域内排列着1100万个2*2 μm无间隙的条形码方格。方格内无间隙高密度探针能够实现在单细胞水平上绘制组织样本的空间表达图谱，同时确保数据的完整性和连续性。
02 改进的探针设计、全转录组空间分析
10x Visium HD改进了探针设计，在人类基因探针panel中覆盖了~180,00个基因，小鼠探针panel中覆盖了~190,00个基因，接近于全转录组的检测。并且每个基因都配备了3对探针，将进一步提升基因检出率。
数据一
样本信息：8周龄小鼠小肠FFPE样本
测序深度：321.6 M reads
分析策略：8*8 μm bin squares（推荐使用8*8 μm的分析单元，也可根据需要自行调整，例如10*10 μm的分析单元）
数据信息：该切片组织共划分得到351,817个8 μm的bin；每个8 μm bin squares鉴定到的平均reads数为922.7个；每个 Bin鉴定到的平均UMI数为392.4个；小鼠panel探针在该组织中实际鉴定到19,040个基因。
测序饱和度：随测序数据量的增多，测序饱和度和基因检出数逐渐上升。在该数据中，测序饱和度为46%。
如已测数据不能满足精确分群、感兴趣的低表达基因未检测到或研究需要更深的测序深度等，需要结合测序饱和度情况，进行加测。若对数曲线如见明显“坡度”变缓，说明数据饱和度增速明显变缓，后续加测帮助不大。
下图展示了在8 μm bin分辨率下切片组织中UMI的分布情况，可以清晰地看到接近于每个细胞的基因表达情况。
bin-levels的分群：spaceranger默认提供2 μm、8 μm和16 μm bin squares分析结果。在该界面会显示8 μm和16 μm的结果。如进行10 μm bin squares分析，web_summary报告中会增加10 μm的分析指标内容（但在前面的Summary和Image Alignment中依然会展示8 μm的分析内容）。
不过不用担心，输出结果中会增加10 μm的分析矩阵文件。
在该页面中还展示了8 μm、10μm 和16 μm bin squares的降维聚类和差异基因分析结果。
8 μm 分辨率下共分出23个亚群，10 μm 分辨率下共分出21个亚群，16 μm 分辨率下共分出26个亚群。不同颜色代表不同细胞亚群。还可以选择只展示某几个亚群，了解它们在组织中的分布情况。
数据二
样本信息：人类肺癌FFPE样本
测序深度：357.6 M reads
分析策略：8*8 μm bin squares
数据信息：该切片组织共划分得到605,471个8 μm的bin；每个8 μm bin squares鉴定到的平均reads数为598.7个；每个Bin鉴定到的平均UMI数为390.9个；人类panel在该组织中实际鉴定到17,796个基因。
随测序数据量的增多，测序饱和度和基因检出数逐渐上升。
Image Alignment：该图像展示了在8 μm bin分辨率下切片组织中UMI的分布情况。可以清晰地看到接近于每个细胞的基因表达情况。
bin-levels的分群：该页面展示了8 μm和16 μm bin squares分析结果，以及降维聚类和差异基因。
已测试样本类型
目前，10x Visium HD技术已经在人类和小鼠的多种类型样本上进行了测试。在人类样本方面，涵盖了乳腺癌、卵巢癌、肝癌、前列腺癌、黑色素瘤、大脑、结肠、扁桃体等。小鼠样本包括胚胎、肺、脑、小肠肾、心脏等组织。
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