产品和服务

安诺基因

公司建立了包含PacBio Sequel、NovaSeq 6000、HiSeq X等

新一代测序仪的高通量测序平台,并与Illumina联合开发了

新一代桌面测序仪NextSeq 550AR,可以对DNA、RNA等不

同分子类型的样本进行测序分析,具备检测大批量样本的能力。

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【校企双赢】安诺优达携手厦门大学公共卫生学院,共建大学生社会实践基地

20181212日,厦门大学公共卫生学院和浙江安诺优达生物科技有限公司校企合作签约授牌仪式在安诺优达南方中心隆重举行。义乌市副市长骆小俊,厦门大学公共卫生学院党委书记张琥、党委副书记黄兆君、实验医学系主任郑铁生、办公室主任张宇斌、实验医学系秘书安然,义乌经济技术开发区党工委委员、副主任王巍,安诺优达总裁陈重建、副总裁玄兆伶、南方中心总经理杨路民等出席仪式,共同见证了本次校企合作签约和授牌仪式。




厦门大学公共卫生学院党委书记张琥一行在安诺优达总裁陈重建、副总裁玄兆伶、安诺优达南方中心总经理杨路民等企业负责人的陪同下,首先参观了安诺优达南方中心基因科技展厅及科技服务平台。在负责人的详细介绍下,张琥书记等学校领导一行对安诺优达的发展历程、业务布局和未来产业发展方向有了全面的了解,并对安诺优达近几年所取得的成绩予以充分的肯定。


参观图片


参观图片


参观结束后,义乌副市长骆小俊、义乌经济技术开发区党工委委员、副主任王巍以及校企合作双方代表等出席签约仪式座谈会。会上,陈重建博士首先对厦门大学公共卫生学院张琥书记一行的到来表示热烈的欢迎。陈重建博士提出,希望通过建立大学生社会实践基地,为学生搭建优秀就业平台,提升学生实践能力,同时能够让企业吸引人才、培养人才、留住人才,实现真正意义上的校企双赢。


张琥书记表示,此次社会实践基地的建立,将为培养和提升学生的综合实践能力和创新精神搭建良好的平台,也为企业的发展提供了人才储备。他希望双方以共建社会实践基地为纽带,进一步增进了解、加深友谊、拓展合作,打开校企战略合作通道,谋求多方共赢。


仪式上,义乌副市长骆小俊、义乌经济技术开发区党工委委员、副主任王巍纷纷表示希望通过校企合作平台的搭建,不断优化营商环境,做好配套服务,同时也期盼下一步能够与厦门大学不断深化合作。


签约图片


在义乌市副市长骆小俊、义乌经济技术开发区党工委委员、副主任王巍以及校企合作双方代表的共同见证下,厦门大学公共卫生学院黄兆君副书记与安诺优达总裁陈重建签署了“大学生社会实践基地”协议书。随后,骆小俊副市长、张琥书记、陈重建总裁在安诺优达南方中心为大学生实践基地揭牌。


揭牌图片


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安诺转录组合作文章10连发

2018年即将结束,小伙伴们年初制定了很多计划,开展了很多工作,年底是收获的时候啦,最近安诺合作的文章见刊喜讯接踵而来,我们又新收录了多篇小伙伴们合作发表的文章,小编趁热打铁赶紧整理了一下,各位大佬走过路过不要错过哦~


合作发表的文章


下面我们选取其中4篇文章进行解读,来更深入地了解RNA-seq测序技术的应用。


转录组测序助力揭示SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中重要调控机制[1]


SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[1]


01 发表期刊

Nature Communications

02 合作单位

武汉大学

03 研究结果

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤疾病,本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达,SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡,增加动物存活率。为阐释具体作用机制,作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达,进而调控MYC表达。综上所述,本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用,也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路,为研究 MYC基因的表达调控提供了新的思路。

 

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接[1]


鸡马立克氏病早期感染和发展过程中脾脏转录组的动态变化[5]


Dynamic Changes in the Splenic Transcriptome of Chickens during the Early Infection and Progress of Marek’s Disease [5]


01 发表期刊

Scientific Reports

02 合作单位

西北农林科技大学

03 研究结果

Gallid alphaherpes virus 2(GaHV2)是一种致癌的禽疱疹病毒,可诱导马立克氏病(MD)和快速发作的T细胞淋巴瘤。为了揭示MD发病机制,利用RNA-seq测定了早期和致病期感染GaHV2的鸡的脾的动态转录组。基于显著的差异表达基因(DEGs),GO富集分析,KEGG富集分析和蛋白互作网络分析,证明在GaHV2感染期间发生的分子事件与疾病发生发展过程高度相关,为进一步研究MD奠定了基础。

 

图2 TCGA数据库数据与RNA-seq测序数据比较

图2 TCGA数据库数据与RNA-seq测序数据比较[5]


ZEB1在人胚胎干细胞神经分化中的功能研究[6]


Zinc finger E-box-binding homeobox 1 (ZEB1) is required for neural differentiation of human embryonic stem cells[6]


01 发表期刊

Journal of Biological Chemistry

02 合作单位

中国科学院动物研究所

03 研究结果

ZEB1在人胚胎干细胞(hESCs)分化为神经元前体时高度表达。CRISPR / Cas9介导的ZEB1缺失可阻止hESCs衍生的神经前体分化为神经元,为了研究ZEB1在该过程中的功能,进行RNA测序分析,聚类和主成分分析(PCA)均表明基因表达模式在25d分化后发生显著变化,GO分析发现在ZEB1敲除后大多数差异基因富集到神经元分化相关条目且显著下调,证明ZEB1是神经元分化所必需的。ZEB1过表达不仅能够加速神经分化和神经元成熟,确保神经细胞移植更安全,而且能够促进兴奋性皮质神经元的产生,对于治疗某些神经系统疾病有重要价值,如帕金森病(PD),肌萎缩侧索硬化症(ALS)。该研究揭示了人类神经细胞的产生机制,有助于改进神经系统疾病患者的治疗方法,以及开发新的替代疗法。

 

图3 全基因组RNA测序分析及qRT-PCR验证

图3 全基因组RNA测序分析及qRT-PCR验证[6]


禽网状内皮组织增生病毒和禽白血病病毒J亚群协同增加外泌体miRNA积累[7]


Reticuloendotheliosis virus and avian leukosis virus subgroup J synergistically increase the accumulation of exosomal miRNAs[7]

 

01 发表期刊

Retrovirology

02 合作单位

山东农业大学

03 研究结果

禽白血病病毒亚群J(ALV-J)和网状内皮组织增生病毒(REV)共感染会协同致病并增加动物死亡率。然而,外泌体miRNA在两种病毒协同感染的致病分子机制中的作用仍然是未知的。在该研究中,通过对在最佳感染时间共感染两种病毒以及单一感染ALV-J和REV的CEF细胞的外泌体RNA,进行RNA深度测序分析,分别鉴定到54种和16种差异表达miRNA。此外,通过qRT-PCR在CEF细胞和外泌体中验证了五种关键miRNA。对miRNA靶基因的GO注释和KEGG通路分析表明5种差异表达的miRNA参与病毒-载体相互作用,氧化磷酸化,能量代谢和细胞生长。本文证明了REV和ALV-J协同感染增加外泌体miRNA的积累,这有利于进一步探索ALV-J与REV协同感染的机制。

  

图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析


图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析

图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析[7]


希望以上文献汇总能帮助大家更全面的了解RNA-seq技术,欢迎感兴趣的老师随时与我们联系。我们接下来还会不定期更新合作文章的解读,敬请期待哦!


参考文献

[1] Su H, Hu J, Huang L, et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[J]. Nature Communications. 2018.

[2] Zhou C, Gao X, Hu S, et al. RBM-5 modulates U2AF large subunit-dependent alternative splicing in C. elegans[J]. RNA Biology, 2018.

[3] Zhou TC, Li X, Chen LJ, et al. Differential expression profile of hepatic circular RNAs in chronic hepatitis B[J]. J Viral Hepat. 2018.

[4] Hu Y, He C, Liu JP, et al. Analysis of key genes and signaling pathways involved in Helicobacter pylori-associated gastric cancer based on The Cancer Genome Atlas database and RNA sequencing data[J]. Helicobacter. 2018.

[5] Dang L, Teng M, Li HW, et al. Dynamic Changes in the Splenic Transcriptome of Chickens during the Early Infection and Progress of Marek’s Disease[J]. Scientific Reports. 2017.

[6] Jiang Y, Yan L, Xia L, et al. Zinc finger E-box-binding homeobox 1 (ZEB1) is required for neural differentiation of human embryonic stem cells[J]. J Biol Chem. 2018.

[7] Zhou D, Xue J, He S, et al. Reticuloendotheliosis virus and avian leukosis virus subgroup J synergistically increase the accumulation of exosomal miRNAs.[J]. Retrovirology. 2018.

[8] Bai S, Liu W, Wang H, et al. Enhanced Herbicide Metabolism and Metabolic Resistance Genes Identified in Tribenuron-Methyl Resistant Myosoton aquaticum L.[J]. J Agric Food Chem. 2018.

[9] Zheng Y, Chen C, Liang Y, et al. Genome-wide association analysis of the lipid and fatty acid metabolism regulatory network in the mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) based on small noncoding RNA sequencing[J]. Tree Physiol. 2018.

[10] Guo F, Hong W, Yang M, et al. Upregulation of 24(R/S), 25-epoxycholesterol and 27-hydroxycholesterol suppresses the proliferation and migration of gastric cancer cells[J]. Biochem Biophys Res Commun. 2018.


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安诺转录组文章6连发,666~

头条!安诺优达宣布与Oxford Nanopore达成合作,引进最新的PromethION高通量测序平台

惊!Nature子刊发现病毒侵染竟能改变宿主染色体三维结构!


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头条!安诺优达宣布与Oxford Nanopore达成合作,引进最新的PromethION高通量测序平台

近日,安诺优达基因科技(北京)有限公司(以下简称:安诺优达)宣布正式与Oxford Nanopore Technologies(以下简称Oxford Nanopore)达成合作,引进Oxford Nanopore最高通量测序平台——PromethION,此举将进一步增强安诺优达在全球范围的大规模基因组学服务能力,扩大基因组中心的国际影响力。通过提供多种测序平台的协同服务,安诺全力服务合作伙伴,为生命科学多个领域,如农业、基础研究、医学和健康等领域的研究发展和成果转化提供核心工具。


PromethIONOxford Nanopore推出的最新款超高通量测序设备,它支持实时、长读长、直接DNARNA测序工作流程。PromethION一次最多可运行48个测序芯片,每张测序芯片包含多达3000个纳米孔通道,最多一次可有144000个有效通道进行测序。所有芯片同时运行通量可达Tb级,能够满足科研用户超高通量的、快速周转测序需求。


PromethION 高通量测序仪

PromethION 高通量测序仪


成立至今,安诺优达已具备大规模的研发及服务能力,建立了领先的实验体系,搭建了生物大数据云计算生态系统;配备了包含Oxford Nanopore PromethIONPacBio SequelIllumina HiSeq X Ten、NovaSeq 6000NextSeq 550AR等新一代测序仪的大规模测序平台。今年7月,安诺优达南方中心——浙江安诺优达生物科技有限公司正式落成。多项举措将进一步拓展安诺优达在基因测序领域的战略布局,为打造国际领先的大规模基因组中心建立硬件基础,也为开展全球化的基因测序业务建立重要竞争力。


安诺优达


安诺优达总部位于北京,在浙江义乌建有南方中心,是中国知名的基因企业、亚洲一流的基因组中心。先后获得国家发改委首批基因检测技术应用示范中心、国家高新技术企业、北京生物医药产业跨越发展工程(G20工程)企业、中国最具投资价值企业、2016中国最具科技引领力企业等资质荣誉,并拥有博士后科研工作站。


公司专注于基因组学技术在人类医学健康和生命科学研究两大领域的产业化应用,目前已在测序设备和分子诊断试剂、医学检测与研究、科研服务、基因大数据和云平台服务等方面具备了优秀的产品体系,形成了覆盖业务上游、中游、下游的全产业链布局及强大的Bio-IT产业化服务能力,赢得了广大合作伙伴的高度认可。


Oxford Nanopore Technologies


Oxford Nanopore公司成立于2005年,专注于开发基于纳米孔科学的颠覆性电子单分子传感系统。Oxford Nanopore的新型电子DNA/RNA测序技术正用于一系列生物研究应用。包括大规模人类基因组学、癌症研究、微生物学、植物科学和环境研究。纳米孔技术具有完全的可扩展性。像Flongle这样的小型适配器解决了对按需、快速、小型测试或实验的需求,并且可以在实验室或现场使用。口袋大小的MinION是一款功能强大的便携式测序设备,可以提供大量长读长测序数据。对于较大的基因组学项目,台式GridIONX5可以按需一次运行多达五个MinION测序芯片。最近推出的PromethION是纳米孔测序的高通量设备,旨在按需使用多达48个测序芯片,每个测序芯片可提供超过百Gb的测序数据。

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​ 重磅| 安诺单细胞转录组测序文章两连发~

一直以来安诺技术助力合作团队在单细胞层面进行深入研究,近期,小编就陆续收到了合作伙伴们文章见刊的喜讯。在上个月中,安诺单细胞转录组测序文章两连发。下面小编就为大家一一解析这两篇文章,带大家深入了解单细胞转录组测序技术的应用。


Improving cell survival in injected embryos allows primed pluripotent stem cells to generate chimeric cynomolgus monkeys

发表期刊

Cell Reports

合作单位

昆明理工大学灵长类转化医学研究院

研究结果

研究团队在前期的探索中,利用dESCs(隆起形态的胚胎干细胞)成功产生了嵌合体猴。而在以往的报道中,传统培养的pPSCs(待发态多能干细胞)无法形成嵌合体动物。近期,研究团队通过优化培养条件,筛选出了适宜干细胞存活以及胚胎发育的ES-HECM-Y培养基。

利用该培养基,注射pESCs两天后的胚胎中,pESC-GFP细胞的存活率由对照中的0%提高到59.8%,表明ES-HECM-Y培养基显著提高了注射pESCs的存活率。后续将嵌合胚胎移植到受体母猴子宫内,使其顺利产下嵌合体猴。此外,研究者利用该方法,证实piPSCs(待发态诱导多能干细胞)和pNT-ESCs(待发态细胞核移植胚胎干细胞)同样具有产生嵌合体猴的能力。

团队进一步对各种干细胞注射的胚胎嵌合能力进行比较,发现dESCs具有最好的嵌合能力,pESCspNT-ESCs次之,piPSCs的嵌合能力最差。通过单细胞转录组测序,发现基于表达模式,dESCspESCspNT-ESCspiPSCs分为不同的群,另外所有的细胞都表达猴子外胚层发育关键基因EOGsepiblast ontogenic genes),但其表达水平在不同的细胞类型里存在一定差异,这种差异解释了为何不同细胞类型具有不同的嵌合能力。


 图1 文章研究思路

1 文章研究思路[1]


图2 单细胞转录组测序相关分析

2 单细胞转录组测序相关分析[1]


Loss of oocyte Rps26 in mice arrests oocyte growth and causes premature ovarian failure


发表期刊

Cell Death & Disease

合作单位

山东大学生殖医学研究中心

研究结果

在卵母细胞成熟的过程中,随着染色质构象的改变,细胞内基因的表达模式是呈动态变化的,随着卵母细胞的发育,转录活性升高,到成熟状态,转录活动静止。目前,其中的分子机制仍不明晰,研究团队基于卵巢中高表达的核糖体蛋白编码基因RPS26对这一机制进行了深入探索。

研究者敲掉小鼠卵母细胞中的Rps26基因,发现卵泡的发育受到阻滞,同时染色质构象也停滞在了NSN(非环绕细胞核)到SN(环绕细胞核)的转换期,最后所有的卵母细胞都无法存活,导致卵巢早衰。进一步研究发现,Rps26基因可能通过影响H3K4H3K9的甲基化水平来调控染色质构象,Rps26基因的缺失致使卵母细胞中H3K4me3H3K9me3水平降低,导致细胞的核形态无法顺利从NSN转到SN

利用单细胞转录组测序技术,发现Rps26敲除小鼠卵母细胞,出现大量基因表达水平的异常,其中包括表观修饰相关的基因以及卵母细胞特异表达基因。深入分析发现,在突变体中,PI3K/Akt/Foxo3a通路相关基因的表达也出现异常。


图3 研究模型图

3 研究模型图[2]


图4 单细胞转录组测序相关分析

4 单细胞转录组测序相关分析[2]


从以上分享可以看出,在生殖领域的研究中,往往伴随着细胞数量少以及细胞异质性高两大难题,单细胞测序技术恰好能突破这两个局限,帮助科研工作者进行课题的深层次探索。

作为国内单细胞测序技术整体解决方案的测序服务提供商,目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。

图5 安诺单细胞测序技术总览

5 安诺单细胞测序技术总览

参考文献

[1] Kang Yu, Ai Zongyong, Duan Kui, et al. Improving cell survival in injected embryos allows primed pluripotent stem cells to generate chimeric cynomolgus monkeys[J]. Cell Rep, 2018, 25:2563-2576.e9.

[2] Liu Xiao-Man, Yan Ming-Qi, Ji Shu-Yan, et al. Loss of oocyte Rps26 in mice arrests oocyte growth and causes premature ovarianfailure[J]. Cell Death Dis, 2018, 9:1144.



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