产品简介 技术流程 样本要求 案例分析 FAQ

技术简介


安诺优达医学转录组测序,基于Illumina测序平台,通过研究人类肿瘤样本和正常样本在特定状态或者特定时期下所有的mRNA,针对样品信息采用灵活的差异分析策略可以找到生物体不同时期、不同组织或不同个体间差异表达的mRNA,再通过软件进行功能注释,最终可以得到mRNA在生物体中参与生命活动的清晰生物信息图谱。


优势

真核 医学转录组 蓝色 宋+A-02-01.jpg

医学转录组应用领域

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医学转录组技术流程


产品参数

医学转录组产品参数

 样本要求



医学转录组样本要求

案例解析


SHQ1调控RNA剪接是T淋巴细胞白血病细胞存活的必要机制


SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival


SHQ1调控RNA剪接是T淋巴细胞白血病细胞存活的必要机制


研究背景


T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种致命侵袭性血液系统恶性肿瘤,常发病于儿童和青少年,约占新诊断儿科ALL的10 15%。虽然强化化疗方案实施后临床缓解接近90%,但复发或难治性T-ALL患者的预后较差,治愈率低于40%。这一临床挑战推动了对T-ALL发病机制的分子机理研究,在过去十年中,对T-ALL病例的基因表达谱分析已经完成T-ALL亚组的鉴定,每个亚组的特征是一个特定转录因子的异常表达,如TAL1、TLX1和LMO1/2。


设计思路


医学转录组设计思路

研究结果


研究结果发现癌蛋白NOTCH1直接转录激活SHQ1,促进其异常高表达。SHQ1参与RNA-蛋白复合体H/ACA snoRNP的组装,介导剪接体U2 snRNA假尿嘧啶化,促进白血病细胞中RNA高效剪接,对T-ALL细胞的生长存活和T-ALL的发生发展至关重要。RNA深度测序结果表明,SHQ1失活能够诱导基因组范围剪接效率降低,其中表达量明显下调的关键分子是癌基因MYC。过表达MYC蛋白能有效挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。这项研究结果不仅阐明了SHQ1在 RNA修饰、RNA剪接和T细胞白血病中的重要生物学功能,还揭示了癌基因MYC转录后调控的新机制。



图1. SHQ1在T-ALL中的特异性高表达


图2. NOTCH1-SHQ1-MYC轴促进T细胞白血病发生的模型

文章亮点


作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。


参考文献


Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival.[J] .Nat Commun, 2018, 9: 4281.


FAQ


Q

医学lncRNA测序对研究物种有要求吗?



A

医学lncRNA测序与医学转录组相同,其中一些数据注释分析等是根据物种是人的数据库设计的,所以要求研究的物种必须是人的,可以是人的组织样本、人的血液样品、或者人细胞样品等。