产品简介 技术流程 样本要求 案例分析 FAQ

技术简介


医学lncRNA测序基于RNA-seq技术研究疾病样本和正常样本中基因/转录本表达及差异分析,结合全面的功能注释解析致病机制,助力生物标记物鉴定及靶药开发,加速临床转化。


优势


医学lncRNA优势


医学lncRNA应用领域

技术流程

医学lncRNA技术流程


产品参数


医学lncRNA产品参数

样本要求


医学lncRNA样本要求

案例解析


案例解析


研究背景


T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种致命侵袭性血液系统恶性肿瘤,常发病于儿童和青少年,约占新诊断儿科ALL的10 15%。虽然强化化疗方案实施后临床缓解接近90%,但复发或难治性T-ALL患者的预后较差,治愈率低于40%。这一临床挑战推动了对T-ALL发病机制的分子机理研究,在过去十年中,对T-ALL病例的基因表达谱分析已经完成T-ALL亚组的鉴定,每个亚组的特征是一个特定转录因子的异常表达,如TAL1、TLX1和LMO1/2。


设计思路

医学lncRNA设计思路


研究结果


研究结果发现癌蛋白NOTCH1直接转录激活SHQ1,促进其异常高表达。SHQ1参与RNA-蛋白复合体H/ACA snoRNP的组装,介导剪接体U2 snRNA假尿嘧啶化,促进白血病细胞中RNA高效剪接,对T-ALL细胞的生长存活和T-ALL的发生发展至关重要。RNA深度测序结果表明,SHQ1失活能够诱导基因组范围剪接效率降低,其中表达量明显下调的关键分子是癌基因MYC。过表达MYC蛋白能有效挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。这项研究结果不仅阐明了SHQ1在 RNA修饰、RNA剪接和T细胞白血病中的重要生物学功能,还揭示了癌基因MYC转录后调控的新机制。


图1. SHQ1在T-ALL中的特异性高表达


图2. NOTCH1-SHQ1-MYC轴促进T细胞白血病发生的模型

文章亮点


作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。


参考文献

Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival.[J] .Nat Commun, 2018, 9: 4281.



FAQ


Q

医学lncRNA测序对研究物种有要求吗?



A

医学lncRNA测序与医学转录组相同,其中一些数据注释分析等是根据物种是人的数据库设计的,所以要求研究的物种必须是人的,可以是人的组织样本、人的血液样品、或者人细胞样品等。