产品简介 技术流程 样本要求 案例分析 FAQ

技术简介


长链非编码RNA(long non-coding RNA)是一类长度大于200 bp,不编码蛋白的RNA,广泛存在于生物体内。采用rRNA去除链特异性的建库方法进行文库构建,利用高通量测序技术,一次性获得单碱基分辨率的lncRNA序列信息,依托强大的生物信息分析平台,鉴定已知lncRNA,并预测新的lncRNA及其靶标。



优势


LncRNA测序优势


LncRNA测序应用领域



技术流程

LncRNA测序技术流程



产品参数


转录组测序-lncRNA测序-技术流程2021.08.11.jpg




样本要求

转录组测序-lncRNA测序-样本要求2021.08.11.jpg




案例解析


lncRNA参与山羊体细胞核移植胚胎发育的重编程过程


Long non-coding RNA lnc_3712 impedes nuclear reprogramming via repressing Kdm5b



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设计思路


转录组测序-lncRNA测序-设计思路2021.08.11.jpg


研究结果


1. lncRNA测序明确和体细胞核移植胚胎相比,山羊体细胞核转移胚胎中差异表达的lncRNA功能主要和细胞增殖、发育、多能干细胞调节等过程等密切相关,通过lncRNA-mRNA互作关系确定lnc_3712作为后续重点研究对象。

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1 通过lncRNA-mRNA互作关系,确定lncRNA_3712


2. 通过转录组测序明确了lnc_3712敲降改善了胚胎基因组激活阶段体细胞核转移胚胎的基因转录,其中体细胞核移植胚胎中三个关键合子基因组激活基因的转录重编程和表达得到了恢复。

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2 敲降lncRNA_3712后对于体细胞核移植胚胎中相关基因表达的影响


3. lnc_3712敲降后的体细胞核移植胚胎中,组蛋白去甲基化酶Kdm5b的表达增加,H3K4me3修饰在山羊的4细胞体外受精胚胎到囊胚阶段逐渐被移除,胚胎生长效率提高。lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰。

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3 lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰



参考文献


Deng M , Wan Y , Chen B , et al. Long non-coding RNA lnc_3712 impedes nuclear reprogramming via repressing Kdm5b[J]. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2021.


FAQ


Q什么是长链非编码RNA?以及它们的作用?


A哺乳动物基因组序列中约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA)是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200 nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用。


QrRNA的去除方法有哪些?


A

有些long non-coding RNA有polyA尾,有些没有,为了保证能够获得所有long non-coding RNA,就不能用oligodT标记磁珠进行富集,只能用去rRNA试剂盒去除核糖体RNA。不同物种rRNA去除效果跟试剂盒中所使用探针的匹配程度有很大相关,如果去除效果不好,需要加大测序数据量达到相应的clean data。



Qlong non-coding RNA为什么构建链特异性文库?


A很多基因组区域具有正负链的转录本,反义转录是真核基因的一个特征,是一种重要的调控方式。使用ssRNA-Seq(Strand-Specific)能够保留RNA的方向性信息,可以确定转录本来自正链还是负链,以便更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息。