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真菌基因组测序

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    真菌基因组测序是指利用二代或三代测序技术,获得真菌的基因组序列;并在全基因组组装的基础上,进行基因组组分分析,功能注释等分析,其已取代传统方法成为研究真菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具。

    根据不同的研究目的和需求,真菌基因组测序可以细分为如下3个产品:

    真菌框架图:采用小片段文库建库的方式,利用Illumina HiSeq进行深度测序,并进行初步的基因组组装,获得基因组序列;其性价比高,满足真菌基因组研究基本需求。

    真菌精细图:采用大片段加小片段文库的方式,利用二代+三代进行深度测序,并进行反复优化的基因组组装,获得基因组序列,其是目前研究真菌基因组的主流产品;对于复杂基因组结合Hi-C测序技术将其基因组组装到染色体水平。

    真菌重测序:主要是针对已知基因组序列的真菌,采用小片段文库,利用HiSeq进行深度测序,主要关注基因组遗传变异情况(包括SNP、InDel、SV等),也可进行群体真菌进化分析和Ka/Ks分析,是群体研究的首选。


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