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细菌基因组测序

  • 技术路线


    细菌基因组测序是指利用二代或三代测序技术,获得细菌的基因组序列;并在全基因组组装的基础上,进行基因组组分分析,功能注释等分析,其已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具。


    根据不同的研究目的和需求,细菌基因组测序可以细分为如下4个产品:


    细菌框架图:采用小片段文库建库的方式,利用HiSeq或MiSeq进行深度测序,并进行初步的基因组组装,获得基因组序列;其性价比高,满足细菌基因组研究基本需求。


    细菌精细图:采用大片段加小片段文库的方式,利用HiSeq和MiSeq进行深度测序,并进行反复优化的基因组组装,获得基因组序列;其是目前研究细菌基因组的主流产品。


    细菌完成图:综合利用一代、二代、三代等测序技术,根据菌株具体情况制定最优策略,最终得到一条完整的基因组序列(1 Scaffold,0gaps),是细菌基因组测序组装的最高要求。


    细菌重测序:主要是针对已知基因组序列的细菌,采用小片段文库,利用HiSeq进行深度测序,主要关注基因组遗传变异情况(包括SNP、InDel等),也可进行群体细菌进化分析和Ka/Ks分析,是群体研究的首选。


    优势

    细菌基因组测序优势


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