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超全的基因组送样流程

2017-08-30

高质量的样本是开展科学研究的首要因素,国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)制定了癌症研究病例入组标准,对入组样本的匹配、采集、病理诊断、保存、数量都提出了严格的要求。2017年3月中华病理学杂志发表了《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》,其中对用于NGS分析的样本也给出了明确的要求,可见越来越多的指南或者共识被发布以规范疾病研究的入组样本,做到规范与精准同行。

 

人基因组测序的样本种类较多,除疾病研究最常用的血液样本外,癌症研究还会用到肿瘤组织及福尔马林固定后石蜡包埋的组织(简称FFPE)等。那么这几类样本要如何采集、保存及运输才能助于提取出高质量的DNA样本呢?今天小编给大家梳理了人基因组研究的样本寄送标准及注意事项。


血液样本


用量

建议用量:≥5ml。

采集及保存

使用EDTA抗凝管(紫盖)采集全血,缓慢颠倒10次以上充分混匀,建议按照200-300 ul/管分装,可先分装2-3ml,余下血液样本可暂不分装(根据实验条件而定)短期保存,可放入-20℃/-80℃冰箱;长期保存,放入液氮。

寄送条件

用封口膜封口,干冰运输(5公斤干冰/天)。

注意事项

禁用肝素抗凝管(绿盖)采血。


新鲜组织

取样量

建议取样量:>1g。

取样流程

a、取适量新鲜组织样本,离体后迅速清洗掉血渍等杂质,剔除多余脂肪组织,注意快速操作,处理时间控制在10-15 min内最佳;

b、将清理后的组织样本分割成2-3mm的组织块,放到2.0 ml EP 管中,放入液氮冻存(建议在液氮中冻存时间保持10 min以上,保证组织冻透);

c、短期保存,可放入-20℃/-80℃冰箱;长期保存,放入液氮。

寄送条件

用封口膜封口,干冰运输(5公斤干冰/天)。

注意事项

对肿瘤组织的取材,为保证结果的准确可靠,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位。

人体FFPE


样本类型

白片或石蜡卷。

建议用量

厚度5-10μm,表面积>10mm* 10mm,白片>8片,或石蜡卷>8卷

运输条件

常温运输,注意避免不同样品间蜡片交叉污染。

注意事项

建议使用3年内的FFPE样本。

 

cfDNA(ctDNA)


血浆类型样本


用量

建议用量:>5 ml

采集及保存

使用EDTA抗凝管采集全血,两小时内分离血浆,存于2.0 mlEP管中。短期保存,可放入-20℃/-80℃冰箱;长期保存,放入液氮。

运输条件

干冰运输(5公斤干冰/天)。


全血样本类型


用量

建议用量:>10ml。

采样方式

Cell-free采血管(Streck管/Ardent管)。

采集及保存

采血后,缓慢颠倒10次以上充分混匀,防止白细胞破裂和血液凝结。存储温度为4℃,切勿冻存。

运输条件

冰袋运输,寄送周期控制在5天以内。

注意事项

冰袋在运输全程中必须处于0℃-4℃,并且冰袋必须为非冰冻状态。


有了上述详细的样本寄送建议,小伙伴们再也不用担心取样问题啦!赶紧收藏哦~

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