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安诺转录组文章6连发,666~

2018-10-18

近期微博的“炫富挑战”引发全民热议,各种不小心摔了一跤后的”炫富照”更是五花八门,证书摔,健身摔,考研摔,零食摔......从事科研工作的你,假如摔跤,打算炫什么呢?


当然是炫文章啦,文章是最低调的炫富方式,也最符合一名科研工作者朴实无华的style!最近,安诺基因转录组文章6连发,研究成果频登Nature子刊,总影响因子高达33.348!小编在被各位合作老师的研究实力折服的同时,也默默地为咱们安诺转录组高效、优质的技术点个赞!


 下面小编将这六篇转录组文章一一扑给大家(为大家简要介绍),以便各位看官更深入地了解转录组测序技术应用。


转录组测序助力揭示SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中重要调控机制[1]

SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[1]

发表期刊

Nature Communication

合作单位

武汉大学


研究结果

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤,本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达,SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡,增加动物存活率。为阐释具体作用机制,作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。

之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因, 但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达,进而调控MYC表达。综上所述,本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用,也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路,为 MYC基因的表达调控提供了新的见解。

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接[1]


转录组测序助力揭示RBM-5调节U2AF大亚基依赖性可变剪接[2]

RBM-5 modulates U2AF large subunit-dependent alternative splicing in C. elegans[2]

发表期刊

RNA Biology

合作单位

中南大学


研究结果

通过对秀丽线虫uaf-1(n4588)突变体转录组测序分析,发现uaf-1影响众多基因的表达,而RBM-5突变可部分逆转异常基因表达至与野生型相似的水平。尽管RBM-5突变本身对可变剪接没有明显影响,但它能以基因特异性方式抑制或增强uaf-1(n4588)突变体中基因的可变剪接。也就是说弱3'剪接位点的识别更容易受到RBM-5的影响。本研究结果证明RBM-5可以调节UAF-1依赖性RNA剪接,并表明RBM-5可能与U2AF大亚基相互作用影响肿瘤形成。

图2 基于转录组数据鉴定的差异表达基因分析及qPCR验证

图2 基于转录组数据鉴定的差异表达基因分析及qPCR验证[2]


牛繁缕对苯磺隆抗药性分子机理研究[3]

Enhanced herbicide metabolism and metabolic resistance genes identified in tribenuron-methyl resistant Myosoton aquaticum L.[3]

发表期刊

Agricultural and Food Chemistry

合作单位

山东农业大学


研究结果

作者用P450抑制剂马拉硫磷预处理显著增加了抗性植物( 牛繁缕)对苯磺隆的敏感性。通过LC-MS / MS分析证实了抗性植物中P450介导的快速苯磺隆-甲基代谢。然后利用安诺转录组测序技术获取了102,529个unigenes,分别在7个数据库中进行了注释。之后筛选25个差异表达基因进行了qRT-PCR验证。本研究发现除草剂代谢能力增强是牛繁缕具备的苯磺隆抗性的主要原因。

图3 转录组分析差异表达基因及qPCR验证

图3 转录组分析差异表达基因及qPCR验证[3]


利用TCGA数据库和RNA-seq联合分析与幽门螺杆菌相关的胃癌关键基因和信号通路[4]

Analysis of key genes and signaling pathways involved in Helicobacter pylori-associated gastric cancer based on The Cancer Genome Atlas database and RNA sequencing data[4]

发表期刊

Helicobacter

合作单位

南昌大学


研究结果

作者利用RNA-seq在18个胃癌样品中分析出了幽门螺杆菌阳性和幽门螺杆菌阴性患者之间的差异表达基因,进行了生存分析实验,探索差异表达基因与预后之间的关联,利用生物信息学分析确定与幽门螺杆菌相关的信号传导途径,发现33个信号通路和10个生物学过程与幽门螺杆菌感染呈正相关。结果表明一些基因(TP53CCDC151CHRNB2GMPR2HDGFRP2VSTM2L)和先前未鉴定到的信号传导途径可能在幽门螺杆菌引起的胃癌中起重要作用。

 4.jpg

图4 TCGA数据库数据与RNA测序数据比较[4]

 

sRNA-seq揭示油棕脂质和脂肪酸代谢中广泛的miRNA-mRNA调控网络[5]

Genome-wide association analysis of the lipid and fatty acid metabolism regulatory network in the mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) based on small noncoding RNA sequencing[5]

发表期刊

Tree Physiology

合作单位

海南大学


研究结果

作者分别在油棕中果发育的五个阶段进行了sRNA-seq研究,发现中果皮中的一系列miRNA参与了FA代谢途径的调控网络。本研究对miRNA表达模式和与FA合成代谢及果实发育相关的miRNA-mRNA调控网络进行了深入解析,揭示了miRNA调控基因表达参与脂质和FA代谢的相关机制。

5.jpg

图5 不同发育阶段差异miRNA分析及脂肪酸相关KEGG通路分析[5]

 

转录组测序揭示慢性乙型肝炎肝脏circRNA表达差异[6]

Differential expression profile of hepatic circular RNAs in chronic hepatitis B[6]

发表期刊

Journal of viral hepatitis

合作单位

云南省第二人民医院


研究结果

作者利用对照组和CHB患者的肝脏组织进行转录组测序,通过生物信息学方法和RT-PCR确认了99个与CHB相关的差异表达circRNAs。进一步对circRNA-miRNA-mRNA 调控通路进行分析发现了665个miRNAs被这99个差异表达的circRNAs所调控,其中4个circRNA-miRNA-mRNA通路被发现参与HBV感染的发病以及肝癌的演化中。本研究的发现为CHB发病机制和进展的研究提供了新思路。 

图6 circRNA差异表达分析及RT-PCR验证

图6 circRNA差异表达分析及RT-PCR验证[6]

 

本期分享就到这里了,后续我们将分享更多精彩转录组文章。希望以上文献汇总能帮助大家更全面的了解RNA-seq技术,欢迎感兴趣的老师随时与我们联系!


参考文献

[1] Hexiu Su, Juncheng Hu, Liang Huang, et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[J]. Nature Communication, 2018.

[2] Chuanman Zhou, Xiaoyang Gao, Surong Hu, et al. RBM-5 modulates U2AF large subunit-dependent alternative splicing in C. elegans[J]. RNA Biology, 2018.

[3] Shuang Bai, Weitang Liu, Hengzhi Wang, et al. Enhanced Herbicide Metabolism and Metabolic Resistance Genes Identified in Tribenuron-Methyl Resistant Myosoton aquaticum L.[J]. J. Agric. Food Chem., 2018, 66(37): 9850-9857.

[4] Hu Yi, He Cong, Liu Jian-Ping, et al. Analysis of key genes and signaling pathways involved in Helicobacter pylori-associated gastric cancer based on The Cancer Genome Atlas database and RNA sequencing data[J]. Helicobacter, 2018, 23(5): e12530.

[5] Zheng Yusheng, Chen Chongjian, Liang Yuanxue, et al. Genome-wide association analysis of the lipid and fatty acid metabolism regulatory network in the mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) based on small noncoding RNA sequencing[J]. Tree Physiol., 2018.

[6] Zhou T-C, Li X, Chen L-J, et al. Differential expression profile of hepatic circular RNAs in chronic hepatitis B[J]. J. Viral Hepat., 2018.


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