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免费报名,如何使用 Hi-C分析软件?

2018-06-26

世界杯4年一次,安诺基因在线交流2周一回,比起啤酒龙虾,天台凉凉,小编真心觉着,参加在线交流对心理承受力的要求要低多了~


那么,本期生信交流,咱们聊点啥呢~~自然是许久未见的Hi-C啦!想起上期在线的火热场景,小编真是怀念那你一句我一句的日子好久啦,好在本周三,终于又要相聚喽~~众所周知,染色质构象改变会引起基因表达调控的改变,这一染色体结构与表达水平的关联在许多研究中被多次证实。然而,对于线性距离上相聚甚远的两个位点而言,什么时候会在空间位置上靠近,为什么要靠近,都是很多小伙伴费劲周折想搞明白的内容。其实呢,这些分析,在Hi-C看来,不过略施小计就能实现。


不妨,咱们先来看看“别人家的文章”里Hi-C都分析了哪些点对点的空间互作吧~


AM J HUM GENET(IF:9.025)


An Osteoporosis Risk SNP at 1p36.12 Acts as an Allele-Specific Enhancer to Modulate LINC00339 Expression via Long-Range Loop Formation[1](2018)


导致骨质疏松的风险位点中,非编码区1p36.12被多次报道,本研究结合Hi-C分析发现,该区域的rs6426749-SNP位点作为一个特异性的enhancer通过长距离的loop环调控lncRNA (LINC00339)的表达,LINC00339负调控CDC42减少其转录本数量,进而影响成骨细胞增殖分化,导致骨质疏松症的发生。


1-1.jpg

图1 rs6426749, LINC00339, and CDC42间潜在的调控模式


Cell Reports(IF:8.282)

A Prostate Cancer Risk Element Functions as a Repressive Loop that Regulates HOXA13[2](2017)


在前列腺癌细胞系中,位于loop环上的前列腺癌风险元件对HOXA13有抑制性调控作用。已有研究发现,位于非编码区的SNP位点对远距离的靶标基因有调控作用,经Hi-C 数据对这些远距离的调控元件进行分析,最终发现,已报道的几个 SNP 位点和已知的靶标基因 HOXA 位于同一个 loop 环上,近一步通过敲除突变和过表达验证了这是一个抑制性的 loop 环,位于 loop 一端的 SNPs 抑制了 HOXA13表达,一旦缺失, 便会激活 HOXA和致癌基因的表达,由此从三维构象角度解析了前列腺癌风险元件的致病机理。


图2  鉴定 7p15.2 中 PCa 风险相关 SNPs 所在的TAD 结构

图2  鉴定 7p15.2 中 PCa 风险相关 SNPs 所在的TAD 结构


Circulation(IF:19.309)

High-Resolution Mapping of Chromatin Conformationin Cardiac Myocytes Reveals Structural Remodeling of the Epigenome in Heart Failure[3](2017)


在小鼠心力衰竭的致病机理研究中,通过Hi-C和RNA-seq联合分析发现,病变细胞系CTCF-KO 和 TAC 中分别有 47%和 67%的增强子远距离互作强度降低。致病相关基因Rock2与多个远距离的增强子间的互作强度明显减弱。由此可见,增强子与基因位点间互作强度的改变在心力衰竭致病机理中起到重要作用。


3-1.jpg

图3 Rock2与远距离的enhancers之间三维互作


Cell(IF:30.410)

Multiscale 3D Genome Rewiring during Mouse Neural Development[4](2017)


在小鼠神经分化的三个不同时期,对胚胎干细胞(ES)、神经前体细胞(NPC)、皮层神经元(CN)分别进行染色体构象分析。研究发现,转录影响染色质结构和远距离互作,在分化过程中,活跃的TADs减少,不活跃的TADs结构变的更明显,伴随基因的表达,细胞类型特意的enhancer-promoter 互作逐渐建立。


图4 Sox2基因启动子与ES-specific enhancer (Gi)和NPC-specific enhancer(Gii)间的三维互作

图4 Sox2基因启动子与ES-specific enhancer (Gi)和NPC-specific enhancer(Gii)间的三维互作

  

怎么样,是不是你也想做这样的分析?别着急,本周三的信息在线交流,小编请来安诺Hi-C资深高级信息分析工程师(简称大神)亲自上阵,手把手教你--分析软件如何使用,分析数据多少才够~机会难得,不要错过哦~

 

交流情况


交流主题:Hi-C分析软件比较和数据量推荐


交流时间:2018年6月27日(周三),15:00-16:00


交流平台:安诺基因生物信息交流1群(213357902)及2群(475638865)同时进行。


交流形式:视频/语音实时交流


主持人:Hi-C产品经理 张珣


主讲人:Hi-C高级信息分析工程师


注:进群时请务必备注姓名及工作单位。

 

对了,小编偷偷提醒你,上个月安诺Hi-C倾情总结的数据量推荐-Hi-C信息分析,你的数据量够了吗?可以拿出来温故而知新啦,若是还有疑问,都在留言里传递我们吧,待到相约之日,定会给你一个负责任的答复~

 

安诺Hi-C专注三维基因组学研究


1. 合作发表文章平均IF:13.20;

2. 建库水平一流,低起始量建库无压力;

3. 采用多款主流分析软件,HiCCUPS实现更准确Loop calling;

4. 目前国内唯一Hi-C云分析服务提供商,让分析更自主。


参考文献

[1] XF Chen, DL Zhu , M Yang, et al. An Osteoporosis Risk SNP at 1p36.12 Acts as an Allele-Specific Enhancer to Modulate LINC00339 Expression via Long-Range Loop Formation[J]. American Journal of Human Genetics. 2018

[2] Luo Z,Rhie S,Lay F, et al. A Prostate Cancer Risk Element Functions as a Repressive Loop that Regulates HOXA13[J]. Cell Reports. 2017

[3] Rosa-Garrido M, Chapski DJ , Schmitt AD, et al. High-Resolution Mapping of Chromatin Conformationin Cardiac Myocytes Reveals Structural Remodeling of the Epigenome in Heart Failure[J]. Circulation. 2017.

[4] BBonev, NM Cohen, QSzabo, et al. Multiscale 3D Genome Rewiring during Mouse Neural Development[J]. Cell. 2017.


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