4008-986-980
CN| EN

首页 > 新闻中心  > 公司新闻

刚刚,安诺单细胞又添“虎将”!

2017-06-29 安诺基因

重磅消息

近日,安诺基因科研人员通过研发及实验优化,成功推出单细胞外显子测序技术(scWES),靶标区域覆盖度高达95%。这一技术的加入进一步完善了安诺基因推出的单细胞多组学研究解决方案,更好的为广大科研人员提供单细胞技术服务。


单细胞外显子测序技术解决了组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,突破了样本量稀少无法建库的瓶颈。该技术为在单细胞水平深入研究癌症发生、发展机制及其诊断、治疗等领域提供了新的研究思路和方向。小编通过以下几个核心关键词为大家详细介绍scWES技术。


定义


单细胞外显子测序技术即在单细胞水平对基因组DNA进行扩增进而利用序列捕获技术将全基因组外显子区域的DNA捕获并富集进行高通量测序的基因组分析方法。


虽然测序成本不断下降,但对于很多个样本的单细胞基因组测序及信息分析,成本依然高昂。相对于单细胞全基因组测序(scWGS),scWES有两点突出优势:1)对于单细胞水平的点突变(SNP)和插入缺失片段(InDel)的检测更有效、更实惠;2)对于低频突变检测更准确。


表1 单细胞基因组测序技术比较


单细胞基因组测序技术比较.jpg

扩增方法

单个细胞DNA(约6pg)无法满足二代测序的ug级样品量需求。为了实现单个细胞基因组信息分析,单细胞扩增技术应运而生。目前主要使用MDA、MALBAC、DOP-PCR三种扩增方法进行单细胞全基因组的扩增,三种扩增方法各有优劣势,一般需根据研究目的选择合适的扩增方法。后续通过扩增产物进行单细胞外显子建库测序分析,获得外显子区域突变信息。

表2 单细胞基因组扩增技术比较

单细胞基因组扩增技术比较.jpg

捕获试剂


安诺scWES捕获试剂使用的是基于液相探针杂交捕获技术的Agilent SureSelect Human AllExon V6平台。该系统采用120-mer的RNA作为“诱饵”探针,能够高效地捕获带有SNV,InDel等突变的基因组序列,并已获得国际癌症协会(ICGC)的鉴定认可。


技术流程

技术路线图.png


技术参数


目前,文献报道中采用Illumina芯片的覆盖度在80%-90%;文献报道中采用Agilent芯片的覆盖度较低,是40%-70%。安诺基因经过研发及实验优化,采用Agilent芯片覆盖度达到95%,远远高于文献报道水平。


表3 单细胞外显子覆盖率

单细胞外显子覆盖率.jpg


应用领域


单细胞外显子广泛应用于癌症异质性、循环肿瘤细胞、免疫机制、细胞分化、胚胎发育等方向的研究。


领域.jpg


图1 单细胞外显子应用领域


应用实例


目前,单细胞外显子测序主要应用于肿瘤异质性研究,在结直肠癌、前列腺癌、骨髓增生性肿瘤等癌种都有相关报道。目前发表文章研究细胞数在几十个到几百个细胞不等,用于单细胞外显子测序的细胞主要依靠显微操作法进行细胞分离,获得单细胞主要通过MDA方法进行扩增,再进行后续建库捕获测序分析。


表4 单细胞外显子研究进展


单细胞外显子研究进展.jpg


样品要求


细胞分离

由合作方完成单细胞分离(尽量避免细胞黏连)。

细胞保存

安诺提供的细胞保存液(4μL PBS缓冲液)-80度保存。

样品需求量

1-1000个新鲜细胞,随细胞带入的液体体积不超过1μL。

送样量

单细胞基因组扩增,建议重复单细胞样本个数不少于3个。



特别提醒:


细胞分离前建议使用PBS洗涤细胞(scWES扩增需使用无Ca2+、Mg2+的PBS,若原始细胞环境中含钙、镁、钼、肝素,则必须彻底清洗);其次细胞分离时,随细胞带入的液体体积不超过1μL,超出过多可能影响扩增反应。

 

作为国内单细胞测序技术整体解决方案的领导者,安诺基因一直致力于单细胞最新技术的追踪及研发,单细胞外显子测序技术的推出也进一步奠定了安诺基因在此领域的领先地位。目前,安诺基因单细胞多组学研究解决方案已丰富至四大组学(基因组、转录组、表观组、三维基因组)、七项技术(单细胞基因组测序、单细胞外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞LncRNA测序、单细胞全基因组甲基化测序、单细胞基因组与转录组平行测序(G&T-seq)、单细胞Hi-C测序),这些技术能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得研究者可以更深入地了解细胞间的异质性,更好更快的助力精准医学研究。

参考文献:


[1]Ni X, Zhuo M, Su Z, et al. Reproducible copy number variation patterns among single circulating tumor cells of lung cancer patients[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110(52): 21083.

[2]Lohr J G, Adalsteinsson V A, Cibulskis K,et al. Whole-exome sequencing of circulating tumor cells provides a window into metastatic prostate cancer[J]. Nature Biotechnology, 2014, 32(5): 479-484.

[3]Wang Y, Waters J, Leung M L, et al. Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome sequencing[J]. Nature, 2014, 512(7513): 155.

[4]Wu H, Zhang X Y, Hu Z, et al. Evolution and heterogeneity of non-hereditary colorectal cancer revealed by single-cell exome sequencing[J].Oncogene, 2017, 36(20): 2857.

[5]Chong L, Song W, Zhao Y, et al. Single-cell exome sequencing identifies mutations in KCP, LOC440040, and LOC440563 as drivers in renal cell carcinoma stem cells[J]. Cell Research, 2016.

[6]Hou, Y. et al. Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2‑negative myeloproliferative neoplasm[J].Cell, 2012.

[7]Xu X, Hou Y, Yin X, et al. Single-cell exome sequencing reveals single-nucleotide mutation characteristics of a kidney tumor[J]. Cell, 2012, 148(5): 886-895.

[8]Yu C, Yu J, Yao X, et al. Discovery of biclonal origin and a novel oncogene SLC12A5 in colon cancer by single-cell sequencing[J]. Cell Research, 2014, 24(6): 701.



  • 关注我们
  • 安诺基因
  • 医学健康

  • www.annoroad.com

网站地图 隐私说明 使用条款 联系我们

Copyright2012 genome.cn 安诺优达 版权所有

All rights reserved Annoroad JICP备12029022号-4

刚刚,安诺单细胞又添“虎将”!-公司新闻-新闻中心-安诺优达
展开