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样品检测结果B、C类解决方案

2018-11-07

尊敬的老师:

      您好,

      您的XX基因组项目样本检测报告已出,所有样本检测为A类,全部合格,详见附件中样本检测报告。

      对于做基因组三代测序项目的老师,尤其是样本稀有的项目,老师收到这样一封样本检测报告邮件,一定会非常开心的。但是不少小伙伴会有疑问,A类样本是如何判定的?除了A类样本还有什么类型样本?今天给您带来三代DNA检测报告解读。


1. 三代DNA样本检测方法


三代DNA样本检测方法


我们对于基因组三代DNA样本进行检测,包括NanoDrop 8000(OD260/280和OD260/230)、浓度检测(Qubit检测)以及完整性检测(Agilent 4200峰图及琼脂糖凝胶电泳辅助检测)。通过不同检测手段,对DNA质量做出准确判定。


2. 三代DNA样本纯度检测


三代DNA样本纯度检测


如果样本OD260/280<1.8,可能原因是样品中存在蛋白质或酚污染;样本OD260/230<1.6,可能原因是样本中存在盐和小分子杂质,如核苷酸、氨基酸等。存在污染,可能会影响DNA分子打断效率、干扰DNA分子定量的准确性,影响文库随机性,抑制酶的活性,导致建库失败。


3. 三代DNA样本完整性检测示例


Agilent 4200 Bioanalyzer检测峰图

Agilent 4200 Bioanalyzer检测峰图



琼脂糖凝胶电泳检测结果展示

琼脂糖凝胶电泳检测结果展示


三代DNA完整性要求Agilent 4200 Bioanalyzer检测峰图主带>30kb,主峰前基线平整,无杂峰。样品片段过短,严重影响三代测序读长。样品降解、蛋白污染或RNA污染,会严重影响建库质量。


4. 三代DNA样本类型


三代DNA样本类型


通过检测对样品质量进行分类,A、B类样本可正常建库上机测序,C类样本建库有风险,而D类样本,建议老师重新送样,提取。


5. 动植物基因组三代DNA送样要求

样品DNA满足

浓度≥80ng/μl,DNA总量≥8μg,主带≥30kb;

无RNA污染,DNA样本无颜色,不粘绸,无杂带;

OD260/280在1.8-2.0,OD260/230在1.6-2.5,QC/NC在0.5-2.0。


6. 送样建议


01. 动物样本

a) 体外培养细胞,快速移去培养液,用PBS清洗1~2次,低速离心除去PBS。不同类型的细胞DNA得率有差异,体积越大得率越低,可适当增加细胞量。

b) 动物血液,使用EDTA抗凝采血管收集,不可使用肝素抗凝,鸟类和鱼类血液红细胞含有细胞核,DNA得率高,而人和哺乳动物无细胞核,得率偏低。

c) 动物组织,优先选择代谢活跃的肝脏组织,肌肉组织不推荐,鱼类和禽类,推荐选取血液或肝脏组织。


02. 植物样本

优先选择生长旺盛的组织部位,避免选取多糖多酚组织,如老叶片和果实,尤其是果实和药用植物,避免使用蜡质层厚的组织。用70%乙醇或无菌水将表面灰尘冲洗干净。


03. 菌类

选取对数生长期的菌体进行收集,去除培养基等杂质。

所有样本,收集后需尽快置于液氮或-80℃冰箱中速冻,干冰运输。


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