一个文库,三种分析,单细胞全转录组测序全新上线~
2018.01.10

为突破传统Smart-seq2无法获得不含polyA尾的lncRNA以及circRNA信息的瓶颈,安诺基因通过研发及优化,建立了最新的ANsuper-seq技术,推出了新产品单细胞全转录组测序。ANsuper-seq技术对于polyA+和polyA-模板RNA均能进行扩增,涵盖mRNA、lncRNA、circRNA,能够全面性地反映样本中除miRNA外各类型RNA的状况。一个文库,三种分析,使数据的价值得到充分地体现。

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图1 单细胞全转录组测序建库流程


利用单细胞全转录组技术进行扩增建库,目前获得的实测数据clean reads比例达92%以上,Q30达95%以上rRNA污染比例非常低,从比对结果看,mRNA/lncRNA比对率达92%,circRNA比对率更是高达99%

表1 单细胞全转录组测序实测数据展示

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基于如此高质量的数据基础,首先可以在mRNA层面进行基因表达水平及差异表达基因相关研究;运用新的扩增建库技术,能获得更全面的lncRNA的分析结果;此外,可以鉴定出circRNA并分析其来源基因,解析其调控机制。同时,这三项独立的分析也可以合在一起,一次性完成单细胞全转录组的全方位解析,真正做到一个文库,三种分析,最大程度地挖掘数据的价值,也从侧面解决了样本难获得的问题。

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图2 单细胞全转录组实验分析流程图


在送样方面,单细胞全转录组测序采用特有的裂解液,整个操作流程与传统单细胞转录组技术类似。

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图3 单细胞全转录组测序送样建议


要是有对单细胞转录组测序感兴趣的小伙伴,上次小编已经贴心地为各位总结过有关单细胞转录组测序的技术原理、应用解析及送样建议(请查看单细胞转录组测序,安诺hold住各种freestyle~)。


作为国内单细胞测序技术整体解决方案的领导者,安诺基因单细胞多组学研究解决方案已经丰富至四大组学(基因组、转录组、表观组、三维基因组)、七项技术,涵盖单细胞基因组测序、单细胞外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞全转录组测序、单细胞全基因组甲基化测序、单细胞Hi-C测序以及单细胞基因组与转录组平行测序(G&T Seq),这些技术能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得研究者可以更深入地了解细胞间的异质性。


小知识:

 circRNA 

circRNA(circular RNA):环状RNA大多由RNA的3’端和5’端共价闭合而成环,通常不具有ployA尾。近年的研究表明,circRNA富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,这一作用机制被称为竞争性内源RNA机制。

 
 lncRNA 

lncRNA(long non-coding RNA, lncRNA):长链非编码RNA是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。研究表明,lncRNA在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为不同科研方向的研究热点。


文案:单细胞产品经理 张玥 

设计:胡珊珊


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