PacBio 的Sequel IIe测序仪相比之前的 SequelII测序仪在测序原理上并无差别,但是在以下方面,Sequel IIe测序仪进行了一些改进和优化:
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升级硬件和软件支持测仪器直接进行CCS处理,直接供客户使用HiFi reads进行后续分析。降低了工作流程的复杂性、完成结果的时间和整个系统的成本。
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提供包含HiFi reads的reads.bam格式文件,比subreads.bam文件更精简,包含3类reads:QV≥20的HiFi reads、其他低质量的CCS reads、其他reads包括单次读取或不满足最低CCS要求的reads。
图1 三类reads的长度分布图
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HiFi reads生成与测序数据收集并行,最大程度缩短总体运行时间。在前一次Run的数据分析进行时,可以启动新的Run。生成30G的HiFi数据,CCS分析时间一般为8h左右。
图2 测序数据收集和数据处理过程可并行进行
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Read population可视化优化后可看到reads在长度和准确度上的空间分布情况,以及subread passes数对最终reads质量的影响情况。
图3 不同Passes数下各类reads的数量分布
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全新配套升级的SOFTWARE v10.0包含基因组组装、全长扩增子和Iso-seq等多款更新的分析流程:20X人基因组组装只需5.5h。
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所需的计算资源和存储资源更少,节省计算成本和存储成本。
图4 人类基因组测序的总体成本比较
(左图为计算和存储资源比较,右图为耗材成本比较)
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