终极套路王--安诺Hi-C高级分析全面升级
2019.01.18

生信小白手握大把数据却无从下手?着急发文章等处理完数据黄花菜都凉了?小编不禁感叹:你以为实验做完了,数据拿到了文章就有了么?NO!生信分析才是文章发表前的重头戏。Hi-C科研老手悄悄告诉你单单还原出染色体三维结构已经略显单薄,为满足文章需要,大家更想知道:

1)不同处理的样本三维结构有怎样的差异?

2)怎样将三维结构与转录组、表观遗传学数据结合起来分析?

3)数据库中的发表数据是否可以拿来用在自己的文章中 ?

此处省略一千字……


全新升级

这么多的问题该怎么解决,小伙伴们不用担心,继上月小编给大家展示了安诺Hi-C标准分析的升级亮点之后,生信大神们终于赶在农历新年来临前完成了Hi-C高级分析套装的华丽升级,40+条目顺利完成测试,如期上线!让我们一起用焕然一新的面貌迎接崭新的一年吧~


升级一  新增可视化展示模块


为了满足大家文章发表的需求,新增对于特定区域单一样本局部三维特征或两样本局部三维结构差异的展示,以凸显特定的结构或两样本之间的差异性。新增内容包括:

1)特定区域的热图可视化;

2)局部区域三维结构可视化;

3)局部区域A/B组分可视化;

4)局部区域TAD可视化;

5)局部区域loop可视化。

图1 特定区域可视化结果展示

图1 特定区域可视化结果展示


可视化展示为我们带来全新的视觉体验,实现了哪里需要看哪里。有目的,有针对性地为您关心的生物学问题提供数据支持。


升级二  新增统计学相关分析模块


在这个模块新增六大展示结果,可满足大部分文章发表中对数据统计的需求:

1)两样本TAD score比较分析; 

2)多样本A/B组分聚类;

3)IDE分析;

4)全基因组定位分析;

5)全基因组定位分析聚类;

6)不同样本文库相关性分析。


图2 统计学相关分析结果展示

图2 统计学相关分析结果展示


有了这么全的百宝箱,统计分析不用愁啦!


升级三  新增数据挖掘相关模块


在很多高分文章中,作者会利用新的计算方法和不同的分析角度对已发表数据进行数据挖掘,以补充现有的证据或解释其科学问题。安诺分析团队提供完整的发表数据挖掘服务。您只要提出您的需求和文章案例,我们可以根据您的数据进行结果再现。


升级四  细化原有可分析条目


1)互作矩阵与ChIP-seq、RNA-seq数据联合分析。基因loop位点具有特定转录因子或结构蛋白的富集,而差异基因通常也在loop位点的周围。


图3 矩阵热图与ChIP-seq、RNA-seq联合展示图

图3 矩阵热图与ChIP-seq、RNA-seq联合展示图


2)TAD边界转录因子及组蛋白富集分析。在双侧对称动物中,TAD通常被认为是保守的。研究发现TAD边界通常具有结构蛋白和活跃性转录因子的富集。针对具体的科学问题,我们可以针对您特定的物种Hi-C数据进行TAD边界富集分析,以确定特定转录因子的富集情况。

图4 TAD边界转因子及组蛋白富集

图4 TAD边界转因子及组蛋白富集


3)差异矩阵与多组学联合展示。差异互作矩阵能揭示染色质互作层面样本间差异,其是否与基因表达和表观遗传学修饰相关,仍然不是很清楚,因此可以通过将多组学数据集中在一张图中进行展示,验证结构的改变与表观遗传学修饰和基因表达的关系。


图5 差异矩阵与多组学联合展示

图5 差异矩阵与多组学联合展示


4)Deeptools鉴定特定区域peak富集。在启动子区域的表观遗传学修饰差异可能会影响基因的表达,因此可针对差异表达的基因的转录起始区域上下游进行peak富集分析。


图6 Deeptools鉴定特定区域peak富集

图6 Deeptools鉴定特定区域peak富集


产品需要不停地推陈出新,随着需求升级而一步步走向进步,这便是产品升级的意义所在。2019年安诺Hi-C高级分析在原有特征结构、差异分析、多组学联合分析的基础上,进一步细化原有可分析条目, 增加可视化展示、统计学相关分析、数据挖掘三大模块。传说中的高级分析到底“高”在那里呢?以上就是答案。


更多高级分析结果展示,欢迎与安诺各区域销售经理联系~


猪年吉祥


关于我们


安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务供应商,自2015年初,首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平,同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等国际高水平期刊,累计IF 97.19,平均IF 12.15。


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